建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。

史称“靖难之役”。建文朝廷和燕王之间开始了一场持续三年的军事对峙。靖难之初，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国，朝鲜国王李芳远都公开表示支持朱允炆打燕王。

但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。

建文四年（1402年）五月二十日，朱棣率师抵达长江北岸的南京龙江驿，朱允炆无力抵抗，只得下罪己诏，并派庆成郡主（庆阳公主）与朱棣谈判，以割地为条件要求停战议和，但没有成功。

同时，朱允炆颁布勤王诏书，下令天下勤王：“朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神祇，燕人不道，擅动干戈，虐害万姓，屡兴大兵致讨。近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司、布政司、按察使及诸府卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士、壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼！朕不德而致寇，固不足言，然我臣子其肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀！”

六月十三日，朱棣抵达金川门下。谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，处死忠于建文的诸臣，史称“壬午殉难”。